所有研究生，不論專業錄取，都有不定導師。入學第壹年，他們學習研究生課程，輪流做研究。輪流可以在北京生命科學研究所、北京大學前沿交叉學科研究所、北京大學生命科學研究所、清華大學生命科學學院和醫學院的實驗室進行。
輪換期結束後，由錄取時確定的擬指導單位的導師和學生通過不同擬指導單位學生壹對壹自願交流的方式，選擇自願相互指導或轉到項目中其他單位。