1952，全國高校大調整。1952院系調整前，廈大有五個學院，19院系，五個專業，分別是法學院、經濟學院、理學院、工程學院、農學院。
1952年院系調整後，廈門大學的院系設置為:中文系、外語系、歷史系、經濟系、數學系、物理系、化學系、生物系、馬列主義教研室、體育教研室、華僑函授部、南洋研究院、經濟研究所、化學研究所、海洋生物研究室，成為文理綜合大學，52年後院系陸續轉出。
1958年7月廈門大學下放到福建省管理。
1963年9月，經中央批準，廈門大學改為教育部直屬全國重點綜合性大學。
廈門大學現在有四個校區，分別是思明校區、漳州校區、翔安校區和馬來西亞校區。