1.證書不同:工程碩士專業學位與工程碩士專業學位在招生對象、培養方式、知識結構、能力等方面都有不同的特點。在職工程碩士只有學位證沒有畢業證，工程碩士有雙證。
2.含金量不同:由於在職工程碩士只拿到學位證書，所以在職工程碩士的市場認可度低於工程碩士。