黑龍江省中醫研究院的前身是黑龍江省祖國醫學研究院(俗稱“祖研”)，成立於1957。是黑龍江省中醫藥管理局直屬的集科研、醫療、研究生教育為壹體的綜合性中醫藥研究機構。隨著規模的發展和功能的不斷完善，我院於2013正式更名為黑龍江省中醫科學院。
黑龍江省中醫研究院學科齊全，科研實力雄厚。擁有5個研究所，1個醫療機構，1個研究生院，2個雜誌(中國中醫藥科技和黑龍江省中醫藥)，1個社區衛生服務中心，1個國家中藥劑型改革基地，25個專病教研室。
目前，醫院擁有職工1415人，衛生技術人員1146人，正、副高級職稱專家396人，其中享受省政府、國務院特崗專家28人，省級名老中醫34人，湧現出張佩青教授、王鐵良教授等壹大批優秀中醫人才。
2020年，國家中醫藥權威學術機構首次根據中醫藥特色優勢和科技影響力對100家中醫醫院進行評估，我院排名17。2021年4月，我院全國排名13，全省排名第壹，綜合實力處於全國同行業前列。
醫院先後三次獲得“全國衛生系統先進集體”榮譽稱號，2021被授予“省級文明單位”榮譽稱號。