中國科學院院長特別獎，中國科學院研究生(含:中國科學院研究生、中國科學技術大學研究生)學習成績優異，在學習期間有重大發明創造，取得具有重要學術價值的科研成果，在理論上有重大創新或發展，或在技術上有重大突破，取得顯著經濟或社會效益；或者在其他方面做出重要貢獻的，校長可以被授予特別獎。
中科院院長獎分為院長特別獎和院長優秀獎兩類，是研究生獎學金中最有價值的獎項之壹。特等獎每年20名，每名獎金5000元；優秀獎200個，每個獎金2000元。凡在中國科學院所屬單位攻讀學位，在科學研究和技術創新方面取得突出成績的研究生，均可申請此項獎勵。
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