學校將以獎學金的形式資助優秀研究生的學費和生活費，最高獎學金26000元，獎學金覆蓋率80%。
據了解，調整後的獎學金管理辦法規定，碩士生(僅第壹誌願考生享受，非第壹誌願考生第壹年不享受)和博士生研究。
學生獎學金將根據不同的學年設置。研究生入學後第壹學年可獲得三個檔次的獎學金:二等1.2萬元、三等1.0萬元、四等4000元，分別占新生的20%、20%、40%。第二學年在第壹學年的基礎上增加壹個年級，壹等金額14000元。博士生可根據不同情況申請每年26000元、21萬元、1萬元的獎學金。沒有獎學金的學生不享受國家醫療等各種補貼。
該研究生獎學金主要用於資助優秀研究生的培訓費和學習期間的生活費等費用。其資金來源主要由國家撥付的研究生培養專項經費、學校投入的培養經費和導師科研項目中的配套經費三部分組成。
同時，北京交通大學還設立了研究生創新基金，主要用於優秀博士學位論文培養、基礎學科和人文社會科學發展基金、高水平導師獎學金、優秀博士生出國留學獎學金、研究生優秀學術成果獎勵基金和重點科研項目資助基金。