南京鼓樓醫院外科為國家重點學科,骨科、產科、消化內科、內分泌科、普外科、風濕免疫科、腫瘤科、護理學為國家臨床重點專科,肝膽外科、骨科為江蘇省臨床醫學中心,產科、風濕免疫科、腫瘤科、心胸外科、代謝科、麻醉科為江蘇省科技計劃重點學科。脊柱畸形矯正、肝移植、同種異體間充質幹細胞移植、生殖醫學、親本腎移植、消化系統疾病的內鏡診斷及介入技術、三維調強放療等技術處於國際或國內領先水平。普通外科、婦產科、骨科、呼吸內科、免疫學、麻醉科、泌尿外科、肝膽外科、消化內科、內分泌科、血液科、心胸外科、心血管內科、腫瘤科、整形燒傷、醫學檢驗、神經內科、急診醫學、重癥醫學、神經外科、耳鼻喉科、藥學、病理學、醫學影像學是江蘇。
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