東南大學軟件學院成立於2001年12月，是教育部和原國家計委批準的首批35所“國家示範性軟件學院”之壹。從2002年春秋兩季開始，學院開始招收軟件工程專業的本科生和研究生。
2007年11月，東南大學與蘇州市政府簽署協議，在蘇州獨墅湖高教園區建立東南大學(蘇州)軟件學院。學院全日制研究生培養全部在東南大學(蘇州)軟件學院進行，該學院位於蘇州工業園區獨墅湖高教區東南大學蘇州研究院。
合作與交流:
學院與愛爾蘭斯隆理工學院、愛爾蘭考德大學、美國普渡大學Calumet工程學院、日本早稻田大學、澳大利亞昆士蘭大學、比利時GROUP-T大學、加拿大等簽署了合作協議。，並在軟件工程本科/研究生培養、教師交流等方面開展了全面合作。每年都有壹批學生去上述大學進行研究和實習。
以上內容參考:東南大學軟件學院官網——學院簡介。