南京理工大學常熟研究院和南京理工大學研究生院常熟分院位於國家級常熟經濟技術開發區。它們是由南京理工大學和常熟經濟技術開發區共同組建的獨立法人實體，主要從事科技研發、科技成果轉化和高層次人才培養。
南京理工大學無錫研究院位於江蘇省錫山經濟開發區科技創業園。是由南京理工大學和錫山經濟開發區共同組建的獨立法人單位，主要從事科研開發和科技成果轉化。
南京理工大學常熟研究院、無錫研究院依托南京理工大學的科研實力和高層次人才，圍繞常熟、無錫新興產業和特色的現狀和發展趨勢，按照“政府支持、產學研結合、市場運作”的原則，以科技項目為基礎，開展科技研發、科技成果轉化和高新技術產業化。南京理工大學研究生院常熟分院主要為地方培養高層次人才，目前正在進行中德聯合培養的全日制研究生和在職教育。