安徽醫科大學研究生院是安徽醫科大學研究生教育的主管部門，下設招生辦、培訓辦、學位辦、年級辦、就業辦、總支辦、學院辦等部門。截至2006年9月，學校擁有8個博士學位授權學科和64個碩士學位授權學科，包括藥理學、皮膚性病學、老年醫學、流行病學和衛生統計學、免疫學、內科、神經病學、兒童青少年保健和婦幼保健，並設有臨床醫學、藥學、公共衛生和預防醫學3個博士後科研流動站，擁有臨床醫學碩士學位和公共衛生碩士學位。