南京大學擁有13個國家級基地班，在全國高校中排名第二。基地班覆蓋南京大學八個壹級學科中的七個，均設有碩士、博士項目，配備了以院士、長江學者、解青為主體的教師隊伍，依托國家重點學科、重點實驗室的教學科研優勢，開展重點培養。基地班出國率30%以上，保研率60%以上。