應用化學碩士是四川大學化工學院最早的碩士學位之壹。經過多年的發展，它擁有強大的師資力量，並形成了鮮明的研究方向。應用化學碩士目前有18名碩士生導師，其中教授12名，博士生導師8名。
應用化學專業畢業生壹次性就業率較高，主要在高校、政府機關、科研院所、軍工企業、名企從事相關專業的教學、科研、技術開發及相關管理工作。
研究方向:計算化學和計算藥學、功能材料、化學分析技術、航空燃料化學。
主要課程:化學前沿、化學測試技術、高級計算化學、精細化學品的設計與合成、化學與生物傳感器、超分子化學、量子電化學、現代有機合成、資源化學、現代分離技術、生物分析化學等。