第壹，性質不同
在職研究生:是壹種申請碩士的方法。
非全日制:是碩士的壹種類型。
二是報名條件不同
在職研究生:大專以上學歷均可申請，部分對工作經驗無要求；
兼職:要求應聘者應聘，對工作經歷要求嚴格。大部分兼職申請人還需要所在單位或相應管理部門的批準，有的還需要所在單位的推薦。
第三，申請方式不同。
在職研究生:除了非全日制，還有中外合作辦學碩士沈碩，高級研修班等等。
非全日制:是在職研究生的壹種方法。
第四，錄取方式不同。
在職研究生:可以考，也可以不考；選擇同等學力的申碩，是入學後考試；非全日制是入學前參加考試；
非全日制:入學前考試難度較大。
五、證書不同
在職研究生:可以有研究生畢業證和學位證，也可以只有研究生學位證，此外還有國外碩士學位證，看報考方式；
非全日制:畢業後可以拿到碩士學位證書和學位證。
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