1999年廣州市財政、地稅機構分設，廣州市地方稅務局於當年2月8日開始獨立運作，是廣東省地方稅務局下屬的副廳級單位。現行體制按照“登記、征管、稽查”三大系列設置機構，設有1個登記分局、10個區地稅局（其中廣州開發區和蘿崗區地稅局、廣州南沙開發區和南沙區地稅局均為壹套人馬、兩塊牌子）和2個縣級市地稅局、6個稽查局和1個納稅人服務中心，***計20個基層單位；市局機關設13個處室和2個中心（事業編制）。全市地稅系統總人數4847人，其中在編幹部3131人，編內合同工121人，編外合同工844人（前臺協稅員577人）。離退休人員728人。在編幹部中，男女比例為51.7：48.3，2007年平均年齡38.89歲；碩士以上學歷人員有300多人，本科學歷人員2100多人，碩士、本科、大專以上人員分別占幹部總數的9%、62%；全系統40%的處級以上領導幹部具備碩士研究生學歷，45%的科級領導幹部具有中級以上專業技術職稱，具有律師、註冊會計師或註冊稅務師資格的人員達到210多名。廣州市地方稅務局征管範圍包括營業稅、企業所得稅、個人所得稅等12個稅種和社會保險費（養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險、生育保險）、教育費附加、文化事業建設費、水利建設基金等8個費金。截止到2007年底統計經管廣州所轄10個區、2個縣級市和3個國家級開發區的納稅人（不含臨時登記戶）48萬戶，其中企業25萬戶，個體工商戶23萬戶。