從分子結構來看，真核生物和原核生物的mRNA是完全壹樣的，都是核糖核酸，由四個核糖核苷酸組成，都是由基因轉錄而來。
1.原核mRNA常以多順反子的形式存在。真核mRNA壹般以單順反子的形式存在。
2.原核生物的mRNA的轉錄和翻譯壹般是耦合的，而真核生物轉錄的mRNA前體需要經過轉錄後的加工，加工成成熟的mRNA，可以與蛋白質結合形成信息體後才開始工作。
3.原核mRNA的半衰期很短，壹般只有幾分鐘。真核生物的mRNA半衰期很長，有的可以達到幾天。
4.原核和真核mRNA的結構特征也不同。真核mRNA由5′端帽子結構、5′端非翻譯區、翻譯區、3′端非翻譯區和3′端多聚腺苷酸尾組成，而原核mRNA沒有5′端帽子結構和3′端多聚腺苷酸尾。