細菌RNA聚合酶和DNA聚合酶壹樣，結構非常復雜。其活性形式(全酶)為15S，由五條不同的多肽鏈組成，按分子量分別為β'(155000)、β(151000)、σ(7000)、α(36500)、ω。每分子RNA聚合酶除兩個α亞基外只有壹個亞基，所以整個酶是β’βα2σω(450000)。
1.三聚體復合物的形成核糖體30S的小亞單位附著於mRNA的起始信號位點，結合反應由起始因子3(IF3)介導，有Mg2+參與。因此，形成了IF3-30S亞基-mRNA三元復合物。
2.30S前起始復合物在起始因子2(IF2)的作用下形成，甲酰甲硫氨酸起始的tRNA(fMet-tRNA Met)與mRNA分子中的起始密碼子(AUG或GUG)結合，即密碼子和反密碼子相互作用。同時，IF3從三元復合物上脫落，形成30S前的初始復合物，即IF2-30S亞基-mRNA-fMet-tRNAMef復合物。這壹步還需要fGTP和Mg2+的參與。
形成3.70S引發復合物。50S亞基與上述前30S起始復合物結合，IF2同時脫落，形成70S起始復合物，即30S亞基-mRNA-50S亞基-fMer-tRNA Met復合物。此時，fMet-tRNA Met占據50S亞基的肽基位點(縮寫為P位點或供體位點)，而50S的氨酰基位點(縮寫為A位點或受體位點)暫時空缺。