如Lai等觀察到果蠅miR-2a、miR-2b、miR-6、miR-11、miR-13a、miR-13b的5’-末端6~8nt序列具有壹定的相關性，它們都可以是與K-box (Kbor)相同的序列。
miRNA作用機制
miRNA作用於靶基因的機制壹直是許多研究者關註的焦點。miRNA發現的前兩個？-LIN 4和let-7被認為與基因mRNA 3' UTR結合不完全，以未知的方式抑制蛋白質翻譯，從而抑制蛋白質合成，阻斷mRNA的翻譯過程。後來的研究還發現，多種果蠅？MiRNA與其基因mRNA的3’UTR部分同源。
然而，由於miRNA與其靶標之間的互補性不完全，因此不容易通過生物信息學來識別miRNA的靶標位點。在植物中，由於miRNA和潛在基因是完全互補的，所以預測植物中的miRNA相對容易。但這些預測基因是否是miRNA的靶基因，還需要進壹步驗證。