高等真菌包括子囊菌，最大的壹類真菌。大多數子囊菌不是腐生的就是寄生的。無性繁殖產生的孢子稱為分生孢子子實體，依靠特化的氣生菌絲尖端。在子囊菌循環過程中，不同的菌絲通過菌株融合相匹配，產生的子囊菌存在於小型子囊菌中。子囊菌形成果實實體。對人類有益的子囊菌包括塊菌、酵母和產青黴素的細菌。