醫學院的前身是中國人民解放軍第壹兵團衛生學校。1949年創建於甘肅天水，同年10年隨軍入疆。隨著中國的發展，經歷了中國人民解放軍第壹兵團衛生學校、新疆軍區衛生學校、新疆軍區生產建設兵團衛生學校。
新疆軍區生產建設兵團醫學院，新疆軍區生產建設兵團醫學院，石河子醫學院，石河子大學醫學院。經過71年的發展，已經成為壹所具有明顯區域特色和優勢的綜合性大學。
能力
學院師資力量雄厚，既有學術功底深厚、聲譽較高的學者專家，也有在專業上頗有建樹的青年學者。教授56人，副教授120人，講師188人。博士52人，在讀博士74人，碩士133人；碩士生導師316，兼職博士生導師12。
國家級有突出貢獻的中青年專家2人，享受國務院特殊津貼專家5人，自治區優秀專家1人。附屬醫院4所(1直屬附屬醫院，3所非直屬附屬醫院)，教學實習醫院30所，其中三級醫院10。學院第壹附屬醫院是全國“百強”醫院。
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