創建於1912，源於近代著名實業家、教育家張謇先生創辦的私立南通醫學院、南通紡織學院。2004年，原南通醫學院、南通工學院、南通師範學院合並組建新南通大學。學校下設20個學院，1獨立學院(杏林學院)，1直屬大型綜合性三甲醫院(南通大學附屬醫院)，國際教育學院和繼續教育學院。擁有基礎醫學、臨床醫學、信息與通信工程3個博士後流動站，基礎醫學、臨床醫學、信息與通信工程3個壹級學科博士點，22個壹級學科碩士點，10個碩士點。臨床醫學、神經科學與行為、工程學、藥理學與毒理學、生物學與生物化學進入ESI學科全球排名前1%。擁有江蘇省高校優勢學科2個，江蘇省重點學科8個，江蘇省臨床醫學重點專科26個。