1.教育部直屬事業單位:通常由中國人民和教育部管理。
2.普通高等學校:由國家部委、省級人民政府(含新疆生產建設兵團)、省(市、區)教育行政部門主管或聯合主管。
第二，目的不同
1.教育部直屬高校:目的是在探索改革方面先行壹步，在提高教學、科研和社會服務方面發揮示範作用。
2.普通高校:目的是實施科教興國戰略。
第三，特點不同
1.教育部直屬高校:全國高校管理體制調整後，壹批實力較強、學術特色鮮明的高校由教育部直屬管理。建國以來，絕大多數全國重點大學都是教育部直屬。
2.普通高等學校:根據主管部門性質，普通高等教育單位可分為三類:黨政群系統主管高校(包括國家部委、省級人民政府和省、市、自治區教育行政部門)、軍隊系統院校和具有研究生招生教育資格的科研院所。
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