上海交通大學醫學院由中華人民共和國教育部、中華人民共和國衛生部和上海市人民政府共建，列為“工程211”、“工程985”、“雙壹流”。入選全國首批“卓越醫師教育培養計劃”，是國家臨床技能實驗示範中心學科帶頭人單位，上海市卓越醫學教育計劃專家組組長單位，國家法國醫學特藏中心。
上海交通大學醫學院前身為聖約翰大學醫學院(成立於1896)、奧羅拉大學醫學院(成立於1911)、同德醫學院(成立於1918)於1952調整而來。1985，更名為上海第二醫科大學。1997，學校通過“211工程”。2005年7月18日，上海交通大學與上海第二醫科大學合並，成立了由教育部和上海市人民政府共建的上海交通大學醫學院，進入“985”高校行列。