復旦大學研究生院成立於6月6日1984，165438，上海醫科大學研究生院成立於10月25日1985。是我國恢復研究生教育制度後，全國首批22所研究生院之壹。？
2000年4月，復旦大學與上海醫科大學合並，組建新的復旦大學，研究生院也並入新的復旦大學研究生院，形成了文史哲法、經、理、工、醫，包括管理學等完整學科的綜合性研究生培養模式。
學校擁有高水平的師資隊伍。在2400多名教師中，有1.400多名教授、副教授。目前，學校擁有博士生導師1000余人，中國科學院院士31人，中國工程院院士9人。