安徽省重點大學安徽醫科大學入選中西部地區高校基礎能力建設項目，成為安徽省高等教育振興規劃首批“地方特色高水平大學建設”，教育部“卓越博士教育培養計劃”試點高校。截至2014年4月，學校設有基礎醫學院、公共衛生學院、口腔醫學院(安徽省口腔醫院)、衛生管理學院、生命科學學院、護理學院、藥學院、人文社科學院、國際教育學院、公共基礎學院、研究生院、成人教育學院(繼續教育學院)、臨床醫學院、第壹臨床學院(第壹附屬醫院)、第二臨床學院。巢湖臨床學院(附屬於巢湖醫院)、第四臨床學院(附屬於四院)、醫學檢驗科、醫學影像科、麻醉科、醫學心理科、醫美科等直屬教學機構。