金融院以建設壹流新型智庫為目標，創新科研體制機制，提升集群創新和團隊協作能力，堅持學科建設、理論創新、政策研究、決策咨詢、人才培養“多業發展”，支持金融改革和學科發展，服務國家治理現代化，更好地彰顯中國在國際金融交流中的影響力。
在建立市場經濟體制的過程中，財政部科研所圍繞建立社會主義市場經濟體制的總體思路，對中國經濟轉型發展面臨的重大問題開展了壹系列研究。
從1992到2000年，向財政部和中央領導提交了近300份內部研究報告和100份內部報告，其中許多得到了財政部和有關部門領導的重視和采納，為建立和完善社會主義市場經濟體制和財政理論體系，支持科學決策作出了貢獻。