在12世紀，我們的主角阿爾泰(德斯蒙德的祖先)是壹個刺客，他受刺客組織老大穆阿利姆的指使，去刺殺壹些聖殿騎士，說是為了阻止第三次十字軍東征，但這些人被他刺殺後壹點都不驚訝，仿佛早就知道自己會被謀殺壹樣。然後我們的主角就疑惑了，去追尋真相了。。。
最後，他得知自己暗殺的9名聖殿騎士在當年發現了神器“伊甸園碎片”(遊戲中稱之為“蘋果”)，它有很多功能，比如操控人的意識，讓自己忙碌起來，直接殺死對方等等。)，發現“伊甸園的碎片”的有十個人。第十個人是主角的老師，刺客組織的老大穆阿利姆，為了獨占神器統治。。。)，穆阿利姆精心策劃了這個陰謀。主角阿爾泰最終擊敗穆阿利姆，成為刺客組織的首領，世世代代守護著神器“伊甸園碎片”。。。
綁架德斯蒙德的公司屬於聖殿騎士的後裔，他們的目的是神器“伊甸園的碎片”
德斯蒙德能逃出他的魔掌嗎？刺客組織會來救他，阻止聖殿騎士的後代嗎？等妳過了1代再去玩二代就知道了~