1，概念不同:多順反子是指壹個mRNA分子編碼多個多肽鏈，每個多肽鏈對應的DNA片段位於同壹個轉錄單位，有自己的起點和終點；單順反子是指真核基因的轉錄產物，在壹個mRNA中只含有壹個翻譯起點和壹個翻譯終點，編碼壹個基因片段。
2.有不同的生物:多順反子主要存在於原核生物中，真核生物中也有多順反子，如秀麗隱桿線蟲；；單順反子是真核基因的轉錄產物，所以主要存在於真核生物中。
3.不同特點:多順反子轉錄形成的壹簇mRNA可以編碼多條多肽鏈；單壹順反轉錄形成的mRNA模板只含有壹個翻譯起點和壹個翻譯終點，所以壹個基因編碼壹個多肽鏈或RNA鏈，每個基因轉錄都有自己的調控元件。